Arkin lukuvuosi koostuu kolmesta lukukaudesta: syys-, kevät- ja kesälukukaudesta. Syys- ja kevätlukukaudella järjestetään portaittain etenevän perusopetuksen viikottaisia opetusryhmiä, kesäkaudella ja koulujen loma-aikoina intensiivisiä teemakursseja.

Perusopetus  varhaisiän opinnoissa, perusopinnoissa ja syventävissä opinnoissa toteutetaan pääosin viikoittaisissa opetusryhmissä, kerran viikossa kaksi opetustuntia (2 x 45 min) kerrallaan. Lähiopetuksen lisäksi viikoittaiseen opetukseen kuuluu itsenäistä työskentelyä. Lähiopetuksen tueksi ja oppimisen syventämiseksi tarkoitettu itsenäinen työskentely on osa lukuvuosittaisia opetuslaajuuksia. Teemakurssit järjestetään intensiivikursseina. Teemakurssit järjestetään niin, että ne ovat avoimia kaikille, mutta Arkin opintoja suorittavilla oppilailla on ensisijainen pääsy kursseille. 

Perusopintoihin ja syventäviin opintoihin kuuluu opintoretki lukukausittain. Lukuvuosittain, yleensä keväällä, järjestetään kaikille oppilaille vanhempineen yhteinen kauden päätösjuhla sekä näyttely vuoden aikana toteutetuista projekteista. Päätösjuhlassa järjestetään usein myös työpajatyöskentelyä.

Lukuvuosi alkaa syyskuussa viikolla 35 ja kevätlukukausi tammikuussa viikolla 4. Varhaisiän kasvatusta annetaan 10 oppilaan lapsi-vanhempi-ryhmissä yhteensä 12 kertaa lukukauden aikana. Perusopinnoissa ja syventävissä opinnoissa oppilasmäärä on 12 ja kokoontumisia on 14. Tarkemmista ryhmäkohtaisista aikatauluista tiedottaa ryhmän opettaja.